长江水系有种鱼类，其中纯淡水鱼类种，居我国各水系之首，是我国鱼类基因的宝库、淡水渔业的摇篮、经济鱼类的原种基地。宜昌以上的长江上游地区，是长江流域大生态系统中一个特殊的水域生态系统，具有特殊的地质、地貌、气候和自然生态环境，孕育了丰富多样的水生生物，其中鱼类资源尤为丰富，达种。

过去几十年由于人类活动的影响，如修建大坝、水库、倾倒废弃物以及航运，使长江鱼类的生存面临着极大的威胁，不少曾经常见的鱼现在变得非常稀少，一些鱼类已经走向灭绝的边缘。

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